Trước những diễn biến phức tạp của tình hình dịch Covid-19 hiện nay trên địa bàn với số ca bệnh liên tục tăng. Để kịp thời thu dung, quản lý, điều trị bệnh nhân Covid-19 trên địa bàn, ngày 17 tháng 12 năm 2021, UBND tỉnh Thanh Hóa đã ban hành Quyết định số 5216/QĐ-UBND về việc thành lập cơ sở thu dung, điều trị Covid-19 cơ sở 02 thuộc Bệnh viện đa khoa huyện Yên Định (gọi là Cơ sở thu dung, điều trị Covid-19). Địa điểm: Tại khu công sở xã Yên Bái (cũ) nay thuộc xã Yên Trường, huyện Yên Định, tỉnh Thanh Hóa với quy mô 200 giường bệnh. Cơ sở bắt đầu đi vào hoạt đồng từ ngày 16/12/2021 đến khi cấp có thẩm quyền cho phép giải thể.
Cơ sở có chức năng, nhiệm vụ thu dung, điều trị cho người nhiễm SARS-CoV2 trên địa bàn huyện Yên Định, có cơ cấu tổ chức bộ máy, hoạt động theo quy trình kỹ thuật, quy chế hoạt động theo các Quyết định ban hành.
Việc thành lập cơ sở thu dung, điều trị Covid-19 cơ sở 02 thuộc Bệnh viện đa khoa huyện Yên Định đã kịp thời đáp ứng nhu cầu cấp bách trong công tác phòng chống dịch về việc thu dung, điều trị bệnh nhân Covid-19. Đồng thời góp phần nhanh chóng giảm tải cho bệnh viện đa khoa huyện Yên Định cơ sở 01, đảm bảo cho bệnh viện tập trung thực hiện tốt nhiệm vụ khám chữa bệnh thông thường, tạo tâm lý yên tâm, thoải mái cho người bệnh khi đến thăm khám và điều trị bệnh tại bệnh viện đa khoa huyện Yên Định cơ sở 01.